药学系在学院党政的统一领导下，坚持“以服务为宗旨，以特色为目标，以创新为手段，以质量为中心，以合作求发展”的办学理念，加强内涵建设，坚持校企合作、工学结合，以实习带动就业，形成了具有高职办学特色的“工学结合、实境育人”的人才培养模式，努力提升学生职业能力和就业竞争力。
药学系前身乐山卫校成立于1951年，1989年乐山卫校开办中专药学专业，2002年三校合并成立乐山职业技术学院后开办高职药学专业。2010年，引进四川大学博士1名，牵头药学专业建设工作。
2012年药学专业从护理系分离，单独成立药学系，并新开办药品经营与管理专业。建设药理实训室、药剂实训室、药物分析实训室、药物化学实训室、有机化学实训室、无机化学实训室等实训室，满足药学相关专业教学需求。
2013年，新增药物制剂技术专业。进一步扩大实训室规模，建设药物分析测试中心。
2014年，建立乐山市药物研究中心；引进四川农业大学博士1名。
2015年，新增中药学专业建设，中药炮制实训室、中药调剂实训室、中药标本馆等中药专业实训室，用于中药专业教学工作。引进北京大学博士1名，担任药物研究中心主任。中药教研室教师指导学生获全国职业院校技能大赛中药技能大赛二等奖1项，三等奖1项。
2016年，引进兰州大学博士1名，投入药物研究中心工作。农产品加工与质量检测专业、食品检测专业由财经系转出，并入药学系。
2017年，药学系整体搬迁进入新校园，新建分析化学实训室、有机化学实训室、无机化学实训室、药理实训室、药物化学实训室、药物分析实训室、固体制剂实训室、药剂一体化实训室、药品分析检测实训室、精密仪器室、中药储藏室、中药标本室、中药调剂室、中药鉴定实训室、GAP实训室、中药炮制实训室、食品加工实训室等29间实训室。《生物化学》、《药理学》两门课程入选教育部药学专业教学资源库建设。中药教研室教师指导学生获全国职业院校技能大赛中药技能大赛三等奖1项。教师获得四川省高职院校信息化教学大赛三等奖1项。药学专业群作为四川省优质高等职业院校重点专业建设。
2018年，药学专业群作为优质院校重点专业群进行建设，优化药学专业群，药物制剂技术专业暂停招生。药学系教师团队获得四川省教育厅及四川省人力资源和社会保障厅评选的四川省教育先进集体称号。中药教研室教师指导学生获全国职业院校技能大赛中药技能大赛三等奖2项。教师获得四川省高职院校信息化教学大赛一等奖1项，三等奖2项
2019年，《生物化学》和《药物分析》两门课程入选省级精品在线开放课程。《中药药剂学》入选重庆市职业教育专业教学资源库。成功主持四川省紧缺领域教师技艺技能传承创新平台（中药学）。药学系教工二支部入选教育部第二批新时代高校党建“双创”工作样板支部。教师获得四川省高职院校信息化教学大赛一等奖1项，二等奖2项，三等奖1项。
2020年，成功组建乐山市道地药材资源开发工程技术中心，教师获得四川省高职院校信息化教学大赛一等奖1项，二等奖1项，三等奖1项。
总负责人：封家福 具体负责人：黎缘
