马克思主义学院作为直属学院领导的二级教学科研机构，负责统筹全院思政课的教学科研和思政课教师队伍管理、培养、培训等。下设3个教研室（“形策”、“思修”、“概论”课教研室）、2个科研机构（红色文化研究院、生态文明研究院）、2个学术团体（思想政治教育学会、法学会）、2个理论性社团（马列社团、毛泽东思想学习协会）。
1、政治教研室
2002年4月，原四川省乐山工业学校、乐山卫生学校、乐山财贸学校合并成立乐山职业技术学院。2002年4月-2004年2月，学院将原各政治教研组、政治教研室进行整合，成立政治教研室，由教务处直接管理，李晓勤、徐志红、黄颖、李育华等人先后担任教研室主任，实行以校区为主的管理模式。期间，李育华、游永慧、何俊康、徐志红被推举为四川省高校思想政治理论课教学研究会（一级学会）首届理事，李育华当选四川省《概论》课教学研究会（二级学会）常务理事，游永慧、徐志红当选四川省《思修》课教学研究会（二级学会）常务理事，何俊康当选四川省《形势与政策》课教学研究会（二级学会）常务理事。
2004年2月，成立公共课程部（2009年更名为基础公共课程部）。政治教研室（2006年更名为思政教研室）由教务处调整为公共课程部统一管理，游永慧、李晓勤先后担任教研室主任。
2、思想政治理论课教学部
2010年5月，学院党委批准成立思想政治理论课教学部，基础公共课程部总支书记、主任张恩兼任思政部主任，基础公共课程部副主任李澍兼任思政部副主任；次年，学院任命刘红良担任基础公共课程部（思政部）副主任。2013年12月，学院党委任命徐志红为基础公共课程部（思政部）副主任。2017年，学院将思政教研室拆分为《形策》教研室、《思修》教研室、《概论》教研室，分别由李晓勤、王春明、胡芝担任教研室主任。2010年-2020年，思想政治理论课教学部与基础公共课程部、体育系合署办公，按照“三块牌子 一个班子”的管理模式运行。2020年4月，在原“思想政治理论课教学部”基础上成立马克思主义学院。
